החינוך המונטסורי שם דגש על למידה כוללנית, מקיפה ושלמה, המציבה במרכז את הצרכים של כל ילדה וילד ומכבדת אותם כאדם. גישה זו נשענת על עקרונות של מתן עצמאות, הרחבת מיומנויות הבחירה, לימוד מתוך חקירה, תנועה במרחב ולמידה דרך כל החושים. "עזור לי לעשות את זה בעצמי" – משפט מפתח המהווה מוטו מרכזי בשיטת חינוך זו שפותחה ע"י ד"ר מריה מונטסורי.
הנהלת בית הספר ומחנכות כיתות א' נערכו להתאמת הלמידה הרצויה עבור תלמידי ביה"ס בהתאם לעקרונות השיטה, כך למשל עודכנה תכנית הלימודים, נרכשו עזרי למידה וסביבת הלמידה תוכננה בהתאם לשיטה. צוות בית הספר מלווה ביועצת אקדמית המומחית בתחום.
ראש עיריית פתח תקווה רמי גרינברג "אני שמח לבשר כי החל מהשנה הקרובה, בי"ס אלימלך כנר ילמד ברוח השיטה המונטסורית. בשלב זה תלמידי כיתה א' ילמדו עפ"י השיטה ואח"כ ברבות השנים ביה"ס יצמח לתוך השיטה. אני מאחל הצלחה רבה למנהלת איריס גלאי, לצוות ביה"ס, לקהילה ולכל התלמידים והתלמידות. אנו מאמינים כי החינוך המונטסורי מאפשר לילדים לגדול ברוח עצמאית המעניקה ביטחון ומעודדת וסקרנות ולמידה עצמאית".
