במסגרת המערך לבריאות הנפש אותו תנהל, פועלת יחידה אשפוזית עם מומחיות בהפרעות אכילה ובהפרעות גוף-נפש וכן יחידה לטיפול יום הפרעות אכילה. בנוסף פועלות מרפאות ייעודיות לנושאים השונים הקשורים בבריאות הנפש בילדים ובני נוער, ביניהן: דיכאון ואובדנות, חרדה, הפרעות טיקים וטורט, פוסט טראומה, מרפאה נוירו-התפתחותית, מרפאה פסיכו-נוירופיזיולוגית, סמכות הורית, לקויות למידה, טיפול משפחתי, אילמות סלקטיבית, קשב וריכוז, מרכז התערבות במשבר ומרפאה כללית. כמו כן, צוות המערך לבריאות הנפש בשניידר מספק שירותי ייעוץ בתחום בריאות הנפש לשאר המחלקות והמרפאות בבית החולים.

לדברי ד"ר אפרת ברון-הרלב, מנהלת מרכז שניידר לרפואת ילדים: "אחת הסוגיות המשמעותיות ביותר בבואנו לטפל בילדים היא בריאותם הנפשית וה- well being שלהם. בריאות הנפש בכלל ובילדים בפרט היא יסוד קריטי להחלמה ומהווה חלק אינטגרלי באיזון העדין 'גוף נפש'. במציאות המורכבת והמטלטלת בה אנו חיים מאז תחילת המלחמה ואירועי ה-7 באוקטובר, אנו עדים למגמה של עלייה מתמשכת בביקוש למענה נפשי לילדים ובני נוער, ואנו עושים הכל כדי לספק מענים גם מיידיים וגם ארוכי טווח בכל דרך אפשרית. ד"ר בן-ארויה מקבלת לידיה משימה מאתגרת וחשובה מאין כמוה- לדאוג לבריאות הנפשית של הילדים, ואנו שמחים ומברכים על מינויה. אנו רוצים גם להודות לפרופ' סילבנה פניג שניהלה את המערך בשנים האחרונות והרחיבה את שירותיו החשובים לכל בית החולים וכן בקהילה לטובת ילדי ישראל".