לתפקיד מנהל הישיבה, מונה עדו שמחון, נשוי ואב לארבעה. שמחון הינו בוגר מוסדות החינוך של הרב שטינזלץ. הרזומה החינוכי שלו כולל שליחות בגרמניה ובדטרויט בארצות הברית, רב כפר הנוער ימין אורד בכרמל, מחנך, רכז שכבה ורכז הפנימיה במקום. משם הגיע לניהול ישיבת אמית חברותא המתחדשת.
עדו שמחון, המנהל הנכנס: "ישיבת אמית חברותא הולכת דרך ישנה – חדשה. ממשיכים בקו הותיק, עבודה עם הטוב של כל תלמיד. רואים את התלמיד דרך הכוחות שיש בו, עליה בונים קומה נוספת של חיים משמעותיים, להיות עובדי ה' בשמחה ובטוב לבב".
בדבריו הפרידה של הרב אלמגור, הוא אמר: "איך מסכמים עשרות שנים של אושר? פשוט לא מסכמים, ממשיכים בעשייה ובאמונה שאפשר אחרת. אפשרי להפוך את עולם החינוך לטוב יותר. את השיעור החשוב הזה למדתי בחברותא".
ד"ר אמנון אלדר, מנכ"ל רשת אמית: "מאז הקים אותה הרב שמעון אדלר ז"ל, ישיבת אמית חברותא סללה דרך חינוכית יחודית שהאירה בעולם החינוך הדתי תלמידים עם פוטנציאל אדיר שלא התממש. תודה לרב אבינועם אלמגור על שנים ברוכות של עשיה חינוכית יחודית וברכת הצלחה לרב עדו שמחון המקבל על עצמו את השליחות החינוכית".