עם פרוץ מלחמת 'חרבות ברזל' בשביעי באוקטובר, גוייס ארן למילואים ושובץ עם המחלקה בבית החולים וולפסון בחולון, שם נתן עם חייליו מענה לאזרחים שלא יכלו להתפנות בזמן אזעקה. אחרי מספר ימים, עברו למחנה שורה, שם שירתו במשך תקופה ממושכת. "במחנה שורה עסקנו בטיפול בחללי השביעי באוקטובר", הוא משתף. "זה כלל סיוע בזיהוי הגופות מעוטף עזה, שהיו במצב קשה. הגיעו לא מעט חלקי גופות".
בשלב מאוחר יותר טיפלו ארן וחייליו בגופות שנחשדו כגופות של חטופים, אך לא פעם התבררו כגופות של מחבלי נוח'בה. "התחושה היא מעורבת. למרות שייתכן שאלו מחבלים שפגעו ביהודים, היה צריך להתייחס אליהם בצורה רצינית, כי ייתכן ומדובר כיהודים. בכל יום, היו גופות שהתגלו כשל יהודים והיו גופות שהתבררו כגופות של מחבלים".
כראש ישיבת אמית אלירז וכאיש חינוך שעובד עם בני הנוער, המעבר בין החיים לבין המתים היה מאתגר במיוחד. "הדבר הזה גרם לי להבין את החשיבות של חינוך דור העתיד להיות מחוברים לשורשים של עם ישראל ומתוך כך, להיות מלאים בעוצמה כאן ועכשיו. שכל יום שלהם יראה ויהיה בצורה הכי טובה שלהם, בלי לעשות לעצמם הנחות".
לאורך המלחמה ושירות המילואים, שיתף ארן את התלמידים בעיסוק שלו, כמובן מבלי לרדת לפרטים. "המסר שלי היה שלנו, כנוער, יש חשיבות מיוחדת להיות עם גב זקוף וראש מורם. מותר לכאוב, אבל העיניים שלנו צריכות להיות מורמות. התפקיד שלנו להיות אלה שמתמודדים, מתוך ידיעה ברורה שאנחנו ננצח. המילים 'עם ישראל חי' זה לא רק תפילה וציפיה – אלא ציווי לעשייה. אנחנו צריכים להיות אנשים חיים שמאמינים בחיים וכך משפיעים על כל העם".
